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SCOPData.protein_letters_3to1got changed toPDBData.protein_letters_3to1due to deprecation ofSCOPDatain newer Biopython versions. However, compared to the previousSCOPDatamapping,PDBData.protein_letters_3to1is very minimal and does not contain any non-standard amino acid conversions which will map all modified residues to"X". Instead,PDBData.protein_letters_3to1_extendedshould come closer to the original functionality.